Temporada 2005/2006
Malísima campaña del Zamora C.F. después de casi ascender a 2ª A la temporada anterior, Balta continuó como entrenador pero en la liga el equipo no respondía y rapidamente se descolgó en los últimos lugares de la clasificación, llegando a estar último. En la Copa del Rey no sucedió lo mismo y el Zamora eliminaba en partido único disputado en el Ruta de la Plata al Villajoyosa por 1-0, la siguiente eliminatoria emparejaba al cuadro de Balta contra la Real Sociedad de Primera División a partido único en el Ruta, se adelantó el Zamora con gol de San Miguel, Vilches fué expulsado por cometer penalti y José Luis se convirtió en el héroe de la noche al salir y parar el penalti a los donostiarras. Con 1-0 se llegó al descanso, en la segunda parte empató la Real pero un gran José Luis impidió que la Real marcara el segundo gol. Después de la prórroga se llegó a los lanzamientos desde el punto de penalti en los que José Luis fue clave al detener 2 penaltis a los realistas y marcar el definitivo que clasificaba al Zamora C.F. para la siguiente ronda de la Copa.
Después de esta satisfacción en la Copa el In one hundred and fifty years, OMEGA OMEGA Swiss watches in the world one hundred and thirty countries to establish . Zamora siguió perdiendo partidos en liga por lo que Balta fué destituido y sustituido por Raúl González, cuyo primer partido como entrenador fué la eliminatoria de Copa ante el Eibar en el Ruta de la Plata, que finalizó con empate a un gol el tiempo reglamentario y la prorroga por lo que llegó a los lanzamientos de penaltis en los que esta vez el héroe fue Vilches, que paró un penalti al Eibar y marcó el definitivo que clasificaba al Zamora para octavos de final de la Copa del Rey.
Al Zamora le tocó el gordo de navidad en esta nueva eliminatoria emparejándose contra el FC Barcelona a la postre campeón de Liga y de Champions, y que supuso la mejor entrada de la historia del Ruta de la Plata con 11.000 espectadores el día 3 de enero de 2006, a los 5 minutos del partido se adelantó el Zamora con gol de Xaco provocando el delirio en las gradas del Ruta puesto que nadie imaginaba que se pudiera estar ganando a todo un FC Barcelona. Antes del descanso empató el Barca y en la segunda parte con dos goles dejaba resuelto el partido con 1-3. La vuelta en el Nou Camp, fue un paseo militar para el Barça que ganó 6-0 a los hombres de Raúl.
Mientras en la liga el Zamora C.F. se libraba del descenso al vencer en el Helmántico al Salamanca 0-1 la penúltima jornada del campeonato con gol de Juanlu, quedando clasificado el equipo en la 13ª posición de la tabla.
Temporada 2006/2007
Miguel Ángel Álvarez Tomé se hizo cargo del equipo con el objetivo del ascenso, durante la primera vuelta el equipo estuvo en puesto de play off pero en la segunda se descolgó y finalizó la temporada en una discreta 9ª posición que no le daba ni derecho a disputar la Copa del Rey.
Temporada 2007/2008
Continúa Tomé con las riendas del Club y muy pronto el Zamora se situó en puestos cabeceros del grupo, cuando parecía que el play off estaba conseguido una serie de malos resultados en las últimas jornadas de liga hicieron que el Club se fuera a jugar el pase a las eliminatorias de ascenso a Las Gaunas ante el C.D. Logroñés, el empate clasificaba a los rojiblancos que consiguieron este resultado y entraron a la primera eliminatoria ante el C.D. Linares.
El primer partido ante los andaluces se disputó en el Ruta de la Plata y se consiguió un empate a un gol (Gurrrutxaga) después de remontar el gol inicial del Linares. La eliminatoria estaba abierta y el Zamora consiguió clasificarse para la final por el ascenso a 2ª A después de vencer en Linares 1-2 con goles de Iker y Senel.
La final por el ascenso a 2ª A, emparejó a los rojiblancos contra el Rayo Vallecano, el partido de ida en el Ruta de la Plata ante mas de 9.000 espectadores, acabó con 0-1 para los madrileños, después de una escandalosa actuación arbitral que dejó al Zamora con 9 hombres por las expulsiones de Agustín y de Iker. En el partido de vuelta en Vallecas con lleno hasta la bandera y con mas de 2.500 zamoranos en las gradas, el Zamora hizo lo que pudo ante el Rayo, que se adelantó en la segunda parte, sin embargo un gol de Iván García a 5 minutos para el final puso las tablas en el marcador y dió alguna opción de ascenso a los rojiblancos que se quedaron a un gol de poder conseguir el ascenso.
Temporada 2008-2009
Continúa Miguel Ángel Álvarez Tomé como entrenador después de quedarse a un solo gol del ascenso al temporada anterior. Continúan de la temporada anterior, Dani, José Luis, Agustín, Sergio Lomba, Iker, Hugo Aguado, Senel, Israel y Saúl. El equipo logra clasificarse para el quinto play off de ascenso a 2ª A, con un nuevo formato en el que hay tres eliminatorias en vez de dos como hasta entonces. El Zamora logró la clasificación para el play off en 4º lugar, venciendo la última jornada de liga por 3-0 al Deportivo B en un abarrotado estadio Ruta de la Plata.
En la primera eliminatoria por el ascenso a 2ª A el cuadro rojiblanco queda emparejado con el Villarreal B que elimina al Zamora (0-2) en el Ruta y (2-0) en la Ciudad Deportiva de Villarreal. El equipo castellonense conseguiría el ascenso al eliminar al Zamora, Lorca y Real Jaén.